Riadenie a kontrolu činnosti agentúry zabezpečujú nasledovné orgány:
Vedenie agentúry vykonáva manažment:
Ing. Róbert Šimurka
generálny riaditeľ
Ing. Miroslav Dunajčín
finančný riaditeľ
Ing. Peter Pacek
riaditeľ sekcie národných a medzinárodných programov
Ing. Bibiána Laluhová
riaditeľka odboru medzinárodných aktivít
PhDr. Ivica Forrová
vedúca oddelenia finančných programov
a regionálnej spolupráce
Mgr. Daniel Pitoňák
vedúci oddelenia analýz podnikateľského prostredia a rizikového kapitálu
Ing. Roland Vitko
riaditeľ odboru priebežnej kontroly PP
Ing. Michal Belan
riaditeľ odboru kontroly
